Historiquement, la basse continue est présente dès le 16ᵉ siècle pour accompagner les monodies (chant à une seule voix sans accompagnement) dans des pièces théâtrales dramatiques, mais son développement parviendra à maturité avec le répertoire baroque pour lequel elle est l'une des caractéristiques majeures.
La basse continue est destinée généralement au claveciniste et à l'organiste. Sa pratique a permis lentement, mais sûrement, une sorte d'intégration de la mélodie dans l'harmonie à partir du 18ᵉ siècle avec des compositeurs comme Rameau. Les instruments utilisés pour réaliser cet accompagnement se nomme le continuo.
Son rôle consiste à n'inscrire sur la partition que la mélodie et une basse accompagnée de chiffres. Grâce à ces derniers, la basse continue constitue un support pour le musicien qui souhaite improviser un accompagnement dans un certain style. Contrairement à l'utilisation des modes en musique jazz pour laquelle le musicien est doté d'une certaine liberté d'interprétation, celui utilisant la basse continue doit connaître le style de l'auteur et la période de l'œuvre considérée.
Signalons aussi la basse obstinée ou ostinato qui constitue une variante de basse continue dans laquelle un motif est répété par la basse tout le long du morceau. On trouve ce procédé dans les chaconnes et passacailles ; l'un des exemples de son utilisation représentatif est le Canon en ré majeur de Pachelbel.
À l'origine, la « basse continue » constitue pour les organistes une façon de soutenir continuellement les chœurs. Le musicien devait, par exemple, reprendre la voix de ténor ou de soprano au moment où la basse se taisait, pour s'élancer dans un accompagnement improvisé, mais maitrisé.
Même quand l'harmonie s'est réellement installée au 16ᵉ siècle en ayant accompli des progrès considérables, l'organiste écrivait rarement les parties d'accompagnement. Il était guidé par son oreille et par son expérience. Il jouer de la main droite un accompagnement représentant l'ensemble de chaque voix de l'harmonie, tandis qu'avec sa main gauche, il exécutait la basse continue, généralement en choisissant la note complémentaire non exécutée par la main opposée ou en fonction du renversement de l'accord.
La basse continue est ainsi devenue un élément structurel et identitaire de la période baroque. Elle a poursuivi sa longue traversée dans le temps en accompagnant les œuvres chorales sacrées jusqu'à la période dite "classique" pour lequels des compositeurs comme Anton Bruckner, Ludwig van Beethoven et Franz Schubert ont écrit des parties de basse continue destinées aux organistes.